肠子宫内膜异位的治疗方法是比较复杂的，因为它也有些复杂的机理，患者应该对其病情的了解的多少，来采取相对应的措施，来进行治病。关于本病的治疗尚有争议须根据病人的年龄症状、生育要求和病情程度具体考虑。药物治疗 多用于轻度的子宫内膜异位症的病人，临床多用达那唑(丹那唑)400～800mg/d甲羟孕酮(安宫黄体酮)10～20mg/d，或连续服用4～6个月的避孕药再继之以周期性用药以防止异位的子宫内膜增生。但药物治疗的副作用较多，文献报道达80%达那唑(丹那唑)的副作用是体重增加、水潴留、疲劳、乳房缩小、痤疮、皮肤呈油性、潮热、肌肉痉挛和情绪不稳定。持续口服避孕药后病人常有水肿、体重增加、乳房压痛、黄褐斑和不规则出血。持续孕激素治疗可引起乳房压痛、水肿、抑郁和不规则出血。口服避孕药和孕激素引起出血时，可在出血期间加用口服炔雌醇(乙炔雌二醇)20µg，通常可控制不规则出血。

    手术治疗，中度和重度病例的最有效治疗方法是尽可能彻底地切除异位的子宫内膜而同时保留生育能力(所谓的保守疗法)。应特别注意防止手术后形成粘连。手术切除对不育症的治疗成功与否与病变的严重程度有直接关系。中度病人手术后60%可怀孕而重度病人则只有35%。愈来愈多的人主张在保守手术治疗前用丹那唑2～3个月关于手术后用药物进行抑制治疗目前尚有争议，但重症病人手术后立即用药物治疗3～6个月看来或有所助益如果术后2年尚未能怀孕鶒则以后发生怀孕的机会很小再次手术或手术切除复发的子宫内膜异位症后是不太可能怀孕的。如有症状的病人不愿怀孕，则可施行根治手术包括子宫切除和两侧输卵管-卵巢切除术，如能切除全部子宫内膜并确认病情复发的危险生很小，则可考虑保留一侧无病变的卵巢口。随着内镜设备和技术的进步和微创外科的迅猛发展，诊断和治疗性腹腔镜在临床上的应用将越来越广泛。

　　给孕酮类药物 对有明显异位症家族史的女孩，在月经规则开始排卵后，可周期性给予孕酮类药物，以抑制子宫内膜异位症的发生。治疗经血潴留疾病，尽早治疗某些可能引起经血潴留或引流不畅的疾病，如处女膜无孔、阴道闭锁或瘢痕狭窄、宫颈闭锁子宫极度后屈等。适龄婚育和药物避孕 妊娠可延缓异位症的发生和发展。对已属婚龄或婚后痛经妇女应及时婚育已有子女者，长期服用避孕药片抑制排卵，可促使子宫内膜萎缩和经量减少因而经血及内膜碎屑逆流入腹腔发生异位症鶒的机会亦相应减少健康搜索，防止医源性宫内膜种植。

    月经前、经期或诊断性刮宫以后，应避免行输卵管通气、通水或子宫输卵管碘油造影术，以防将子宫内膜送入盆腔。宫颈电熨、冷冻治疗等小手术，宜在月经净后尽早施行，以免在下次月经期因宫颈创面尚未愈合，而导致脱落的子宫内膜种植其中。术时还应避免电熨头或冷冻头进入颈管过深以防术后颈管狭窄。人工流产电吸引术时，应避免突然降低宫腔的负压宫腔压力的急剧变化，可将子宫内膜碎片推入输卵管及盆腔健康搜索。凡进入宫腔的腹部手术均应注意保护腹壁切口，避免将宫内膜带至切口内种植。