藏毛窦由症状和体征容易诊断，但应与疖、肛瘘和肉芽肿鉴别。

　　1.疖痈 生长在皮肤，由皮肤突出，顶部呈黄色。痈有多个外孔，内有坏死组织。

　　2.肛瘘 肛瘘的外口距肛门近，瘘管行向肛门，扪诊有索状物，肛管内有内口，有肛门直肠脓肿病史。而藏毛窦的走行方向多向颅侧，很少向下。

　　3.其他 结核性肉芽肿与骨相连，X线检查可见骨质有破坏，身体其他部位有结核性病变。梅毒性肉芽肿有梅毒病史。梅毒血清反应阳性。

　　本病在窦道发生感染之前很少出现症状。典型病例是在尾部中线有细小凹坑但无任何感觉。凹坑有细孔，有的用泪囊探子也难以探入。这是原发窦道，距肛门5～6cm。感染后局部形成表浅脓肿，自行破溃或手术切开后流出脓液。脓肿排放稀薄脓液数日后渐愈，遗留一硬结(图3)。再次细菌感染可以出现另一脓肿。上述症状重复出现。如此反复出现，以致局部可出现几个窦道口(图4)。这些窦道口可以非常接近，也可能有2～3cm距离。多数窦道口可容细探针通过。窦道深浅不一，最深可达数厘米。继发的窦道多在原发窦道口的上方即“颅侧”。据观察常略偏向一侧，尤以偏向左侧者最多。在窦道区的“干燥期”可以在此处触知一长椭圆形硬结或囊性肿物。