并发症有食管黏膜出血、食管瘘及病毒扩散引起感染。晚期合并症为食管狭窄。其并发症包括：
1，食管狭窄出血、溃疡。
2，食管炎病患者的食管腺癌发病率增加，与巴雷特食管的形成有关。
3，反流的胃液可侵蚀咽部，声带和气管而引起慢性咽炎，慢性声带炎和气管炎。
4，胃食管反流还是支气管哮喘发病的重要原因之一，支气管哮喘病人中有25%的人伴有胃食管反流,用药物控制反流可减少哮喘的发作。
5，出血及贫血，病人可有轻度出血，出现间歇性大便潜血阳性，长期少量出血可出现贫血症状，巴雷特食管可引起大量出血。
