急、慢性扁桃体炎都可以引起多种并发症。

局部并发症：有急性中耳炎、鼻炎、鼻窦炎、咽炎、颈淋巴结炎、扁桃体周围脓肿等。

全身并发症：常见的有风湿病、急性肾小球肾炎、败血症、关节炎、皮肤疾患(如银屑病)、心肌炎、支气管哮喘等。

扁桃体炎引起全身疾病的机理目前尚不完全明了。感染学说认为是溶血性链球菌及其毒素间断地进入血流或淋巴，导致远隔部位的疾病。近年来由风湿病患者的咽部、血液和心瓣膜上分离出Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型腺病毒，并认为链球菌的透明质酸酶能增加咽部组织的通透性，使病毒易于侵入人体而致病。变态反应学说认为小窝内的细菌及其毒素、代谢产物或病毒等，进入体液后，可引起抗体形成，通过抗原抗体结合，产生复合物而导致其他部位的病变。感染变态反应学说认为上述两种过程同时存在，共同起作用。此外，尚有其?说法，但各种学说都缺乏足够的证据。