扁桃体周脓肿，若治疗不及时或治疗不当，可发生的并发症如下。
1.颈淋巴结炎 多发生于颈上深淋巴结，局部有压痛，化脓者少见。
2.咽旁脓肿 如扁桃体周脓肿未见溃破出脓，出现张口困难减轻，下颌角部肿胀，全身症状加重，应考虑到脓肿已穿透咽上缩肌进入咽旁隙。
3.喉水肿 有喉阻塞症状。
4.败血症或脓毒血症 脓毒血栓由扁桃体静脉，经翼内静脉和面静脉至颈内静脉，引起颈内静脉血栓性静脉炎，传布全身，可致肺梗死、转移性肝脓肿等。
5.海绵窦栓塞 脓毒血栓由面静脉进入海绵窦而引起。沈平江(1964)曾报告1例，经抢救治愈。
6.病灶感染 如肾炎、纵隔炎、心内膜炎、腹膜炎、口底蜂窝织炎、甲状软骨膜炎以及吸入性肺炎等。
7.腐蚀性大出血
多因咽旁脓肿蚀烂颈内动脉所致，颈外动脉进入扁桃体的任何分支亦可被蚀烂出血。多在扁桃体周脓肿溃破或切开排脓后，伤口发生严重出血。可用纱布或止血海绵塞入止血，或分离扁桃体窝，找出血管蚀破处结扎，危急情况下可结扎颈外动脉，甚至结扎颈总动脉。姚广修等(1964)报道1例扁桃体周脓肿吃干饭后，并发颈部大血管破裂，致扁桃体上窝处呈紫红色肿胀，超过中线，隆起表面见有搏动，触之有明显波动。入院后正准备颈动脉结扎，术中突然大出血死亡。这种情况虽属罕见，但后果严重，应引起注意。
8.颈部坏死性筋膜炎
甚罕见，是厌氧菌和需氧菌混合感染的一种严重的软组织感染，系来自扁桃体周脓肿的炎症，沿筋膜扩散至颈动脉鞘而致。临床表现为发热、广泛的皮下组织、脂肪和筋膜坏死，并有气体产生而触及捻发音，皮肤、肌肉膨胀、脓液恶臭、病死率极高。治疗的关键在于早期彻底扩创，充分切开潜行皮缘，切除坏死的皮下组织及浅筋膜，创口用3%过氧化氢或1∶5000高锰酸钾液或0.5%甲硝唑液冲洗，每日换药2～3次。全身应选用2～3种对厌氧菌及需氧菌均有作用的药物联合用药。如林可霉素、氯霉素、甲硝唑或第三代头孢菌素。颈部肿胀严重者，应行气管切开术。