囊肿小时无症状，亦对人体无害，囊肿较大时有自然破裂倾向，因此一般不主张手术。若有明显症状或病人精神压力太大，可手术切除。若在上颌窦手术中发现，则应顺便切除。采取鼻内窥镜手术经扩大的上颌窦口方式即可将之切除。

       经诊断明确后，应及时进行手术治疗。手术原则为摘除囊肿，恢复并扩大病窦与鼻腔间的引流通道。手术后应尽量保留窦骨壁，以免遗留畸形。窦内如尚有残存正常粘膜，可予保留，如囊膜与硬脑膜或眶内容物粘连，应予保留，以免并发颅内、眼内感染或脑脊液鼻漏等症。为使与鼻腔的通道不致缩窄，可用塑料管固定，或进行粘骨膜瓣成形、皮片移植、钽片成形等方法处理。单纯筛窦囊肿和额窦小囊肿可由鼻内切除中鼻甲，开放中鼻道用咬骨钳和刮匙切开囊肿底部，建立宽敞通道。额、筛窦囊肿较大者，应作鼻外切口，如Moure切口、Presinger切口或额部骨瓣整复术切口，剥除囊肿，开放额窦底部和前筛窦气房，切除中鼻甲前端，重建与鼻腔的通道。蝶窦囊肿可由鼻内或鼻外切口经过筛窦开放囊肿壁，上颌窦囊肿则应行上颌窦根治术，摘除囊肿后，在下鼻道凿引流对孔。如额窦囊肿术后遗留畸形，可在一年后行整形术。此外，鼻内如有其他阻塞病变，如鼻中隔偏曲、鼻息肉、中鼻甲肥大等，亦应进行矫正、切除。