1、继发细菌性上呼吸道感染 如急性鼻窦炎或化脓性扁桃体炎。

鼻窦炎：鼻窦粘膜的炎症。在各种鼻窦炎中，上颌窦炎最多见，依次为筛窦、额窦和蝶窦的炎症。鼻窦炎可以单发，亦可以多发。最常见的致病原因为鼻腔感染后继发鼻窦化脓性炎症。此外，变态反应、机械性阻塞及气压改变等均易诱发鼻窦炎，牙的感染可引起齿源性上颌窦炎。

化脓性扁桃体炎：(一)全身症状：起病急、恶寒、高热、可达39～40°C，尤其是幼儿可因高热而抽搐、呕吐或昏睡、食欲不振、便秘及全身酸困等。(二)局部症状：咽痛明显，吞咽时尤甚，剧烈者可放射至耳部，幼儿常因不能吞咽而哭闹不安。儿童若因扁桃体肥大影响呼吸时可妨碍其睡眠，夜间常惊醒不安。

2、继发细菌性肺炎 流感患者可能发生如下三种肺炎，即除原发性流感病毒性肺炎外，还可能出现继发性细菌性肺炎，以及病毒与细菌混合感染性肺炎。流感病毒感染导致呼吸道上皮细胞坏死、纤毛脱落和黏液分泌功能障碍，局部防御功能降低，易继发细菌感染，表现为急性支气管炎和肺炎。普通型流感继发细菌性肺炎比流感病毒性肺炎更为常见，多由肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌等引起，继发细菌感染性肺炎与原发性病毒性肺炎常可由临床特点区分。继发细菌性肺炎多在流感病情已经好转之后发生，症状如下：发热常见，多为持续高热，抗生素治疗后热型可不典型;咳嗽、咳痰甚多，早期为干咳，渐有咳痰，痰量多少不一。痰液多呈脓性，金葡菌肺炎较典型的痰为黄色脓性;肺炎链球菌肺炎为铁锈色痰;肺炎杆菌肺炎为砖红色粘冻样;绿脓杆菌肺炎呈淡绿色;厌氧菌感染常伴臭味。细菌性肺炎亦可与流感病毒性肺炎并存。患者多为老年人，或是有慢性心肺疾病、代谢或其他疾病患者。通常以单纯型流感起病，2～3天后病情加重，体温较前更高，可伴寒战，全身中毒症状明显，咳嗽加剧，咯脓痰，伴有胸痛。患者呼吸困难、发绀，肺部满布啰音，体检和胸片可发现有局限性实变征。亦可伴发胸膜炎，出现胸腔积液或脓胸。白细胞数和中性粒细胞比例显著增高，痰涂片的革兰染色及痰培养可显示相关的致病菌。病情严重者更可引起流感后中毒性休克综合征。

3、Reye综合征(脑病-肝脂肪变综合征) 是甲型或乙型流感病毒感染的肝脏、神经系统并发症。在急性呼吸道感染热退后数天出现恶心、频繁呕吐、嗜睡、昏迷和惊厥等神经系统症状，肝大，无黄疸，肝功能轻度损害。组织学改变以肝、肾、心脂肪变性为特征。Reye综合征病因不明，近年认为可能与长期服用阿司匹林有关。

4、其他并发症 少数患者可能出现肌炎，儿童比成人多见，表现为腓肠肌和比目鱼肌的疼痛和压痛，可发生下肢搐搦，严重者不能行走。乙型流感病毒较甲型更易发生这一并发症。血清肌酸磷酸激酶含量短暂升高，患者3～4天后完全康复。有报道，极少数患者可出现肌红蛋白尿和肾衰竭，也有出现心肌损害者，表现为心电图的异常、心律失常、心肌酶含量增高等。心包炎少有报道。