病因未明，有肿瘤、变态反应或自身免疫和病毒感染等学说。
1、类肿瘤学说
多数学者认为本病是淋巴系统的恶性肿瘤，类似网状细胞肉瘤或淋巴瘤，有肿瘤性增生的异形细胞及分裂相，无坏死性血管及多核巨细胞。本病限于鼻部和呼吸道，至病晚期，身体各处如内脏、淋巴结及骨髓均可显示同样病变，故极似恶性肿瘤之转移，部分病人放射治疗可获痊愈，符合肿瘤学说。
2、变态反应或自身免疫
近年研究认为本病为一种过敏现象，尤为血管对细菌毒素之过敏反应，极似Arthus坏死现象。在毛细血管壁内有免疫球蛋白沉积，并在疾病活动期病人血清中出现免疫复合物，应用免疫抑制剂治疗，症状缓解时则消失。免疫荧光试验，发现肾小球甚底膜有C3和lgG，电镜检查看到基底膜内有免疫复合体一样的粗颗粒状物，环免疫复合物升高;故有人认为鼻部恶性芽肿，结节性动脉周围炎及Wegener肉芽肿同属一类疾病，唯症状不同而已，皆为自身免疫性疾病。
3、病毒感染学说 新近研究发现，在采取恶性肉芽肿组织进行细胞培养及病人血清内，均找到柯萨奇病毒小体，故认为本病与此病毒感染有关。