肺炎球菌肺炎的并发症近年来已较少见。严重败血症或毒血症患者可并发感染性休克，有高热，但也有体温不升，血压下降，四肢厥冷，多汗，口唇青紫。并发心肌炎时心动过速出现心律紊乱，如早搏、阵发性心动过速或心房纤颤。并发胸膜炎时，胸液为浆液纤维蛋白性渗出液；在青霉素应用以前时代，还有并发脓胸的报道。

严重且可能导致死亡的并发症为进展性肺炎，有时伴有成人呼吸窘迫综合征和/或脓毒性休克。胸部X线检查可发现约25%的病人有胸膜渗出，且仅1%左右的病人有脓胸。有些病人产生病变邻近部位的感染(如脓胸或化脓性心包炎)。菌血症可造成肺以外的感染病灶，包括脓毒性关节炎，心内膜炎，脑膜炎及腹膜炎(腹水病人)。有些病人出现肺部重复感染，表现为在治疗过程中，暂时改善之后又出现发热和新的肺浸润而致病情恶化。