结核性溃疡有时会被误诊为癌肿，如果原发结核病源未明确时，进行组织病理活检发现干酪样坏死便可作出鉴别诊断。同时本病还需要与慢性溃疡病想鉴别，慢性溃疡指由于多种原因造成，例如遗传的因素、感染、细菌感染、心理因素和饮食不当等所造成的胃、十二指肠、结肠等消化系统出现的粘膜受损，导致消化不好，更有甚者，容易导致血便，造成贫血。通常根据病原体的检查或者活检即可明确。