卡氏肺孢子虫寄生于人体肺泡引起的急性肺部疾病，又称卡氏肺孢子虫肺炎、卡氏肺囊虫病。常伴发于艾滋病患者，是机会性感染致死的主要病因。临床症状主要以发热、咳嗽、呼吸困难为主要特征，病情发展迅速，死亡率较高。未经治疗几乎100%死于呼吸衰竭。
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