多发生在青少年的额顶骨，多为单发，也有多发者。起病缓慢，病程较长，可在发病后很长时间或疾病进一步发展才引起病人的重视，但也有急性发作者，此时体温可高达38～39℃，局部头皮有红肿热痛，经一段时间见稳定，局部渐出现寒性脓肿，破溃后形成反复发作或经久不愈的慢性窦道。颅骨结核同身体其他部位的结核性感染一样，病人可有长时间的低热，午后尤其明显，体温在37～38℃之间，面色苍白，两颊潮红，食欲不振，消瘦，体重减轻，乏力，盗汗，女性有闭经等全身症状。初起局部头皮可肿胀，继之发生无痛性但有波动感的寒性脓肿，穿刺脓肿可抽出干酪样坏死脓液。脓肿破溃后形成经久不愈的慢性窦道，经常向外排出灰白色干酪样脓液，时而夹杂小碎骨片，单纯药物治疗难以奏效，病程往往迁延达数月或数年之久。在颅骨被侵蚀穿破后炎症可向硬脑膜外蔓延，日久硬脑膜也可被侵犯甚至穿透，结核杆菌即可侵入颅内，导致各种颅内并发症及其一系列的症状与体征，如常见的结核性脑膜炎、脑积水、癫痫、颅内结核瘤等。颅骨结核较少单独发生，多同时伴有肺部、骨关节结核病灶及颈部、腋下、腹股沟等处的淋巴结核，表现为淋巴结肿大或破溃后形成长期不愈的慢性窦道。

在青少年或老年人中如有身体其他部位的结核性感染，或有与患结核病人密切接触史，发现头皮有波动性寒性脓肿或有向外排出干酪样物及小块死骨经久不愈的慢性窦道，结合病人的症状及体征和身体其他部位有结核病灶如颅骨、肺部及骨关节等的影像学检查发现有颅骨破坏或缺损等结核病灶和辅以周围血象中的淋巴细胞增多及血沉加快等实验室检查，诊断多无困难。如再行干酪样物涂片染色镜检查到结核杆菌或动物接种时有阳性发现，则更有助于确诊。