泌尿系统结核的鉴别诊断：

(1)肾及输尿管结核引起的钙化应与结石相鉴别。后者密度高，可移动，位于腔内。

(2)精囊钙化多为结核性，前列腺结核的钙化应与结石相鉴别。

(3)结核性肾积水应与非结核性积水鉴别。(1)肾结核累及肾锥尖端后尿路造影开始显示早期改变，表现为某盏有轻度模糊不规则的外形。病变继续扩大，则肾小盏也扩大并伴有不规则的破坏，说明肾锥体及皮质已发生糜烂坏死，病变进一步发展，肾盏外形如羽毛状或虫蚀状坏死，盏外可见已有造影剂进入，甚至受累的肾盏与空洞之间的瘘道也可看见。
(2)肾结核晚期可见肾内有广泛的干酪坏死空洞，呈大而不规则的造影剂可充盈的破坏灶，此种空腔在增强的CT图像中显示更为清楚，腔内积脓液，呈水样密度，且不增强。广泛的肾结核破坏，同时有修复作用，大量钙盐沉积在肾干酪坏死灶，可成无功能的肾，称“自截肾”。
(3)输尿管结核早期表现为输尿管扩张，边缘呈虫蚀状，这是由于结模侵犯了输尿管肌层引起张力失调及多发溃疡所致。继而输尿管壁增厚变粗，失去弹性，蠕动消失。当有较大量纤维化瘢痕变形时，输尿管腔狭窄或狭窄与扩张交替出现，表现为串珠状、螺旋状，最后可成一短而僵直的细管，甚至完全闭锁，均伴有患侧肾积水。
(4)膀胱结核多由于上尿路结核下行蔓延引起。在膀胱输尿管交界处出现模糊不清边缘不整现象，容积也减少，痉挛及纤维化，出现“小膀胱征”。有时可见膀胱壁上出现片状钙化灶。若膀胱结核累及健侧膀胱输尿管口，引起括约肌闭锁不全，发生尿回流现象，即形成健侧肾积水现象。
(5)泌尿系统结核可播及生殖器官，在男性为前列腺、精囊、附睾、输精管，这主要是通过肾结核尿中的结核杆菌经后尿道前列腺小管和射精管口进入前列腺和精囊，再由输精管至附睾及睾丸，也可通过血行播散至这些器官。