泌尿系结核是全身性疾病。故须重视全身的治疗。包括营养、环境、休息、医疗体育等。

现代化学治疗的进展,使泌尿系结核的治疗原则有所改变,以药物治疗为主，配合必要的手术治疗。早期泌尿系结核病变较轻，范围局限。在正确使用抗结核药物治疗后，多能治愈。只有在肾脏破坏严重或泌尿系统有严重并发症,如输尿管狭窄、膀胱结核性挛缩伴对侧肾积水时,才需要手术治疗。手术旨在去除不可修复的破坏病灶，解除梗阻，抢救肾功能。