不育男子应作体格检查，一般检查包括身高、体重、两手伸平时的指距;观察第二性征发育情况，例如胡须、喉结、腋毛、阴毛的生长情况，有无男性乳房发育等。男性不育的体格检查重点是泌尿生殖系统。阴茎大小、是否有尿道下裂，睾丸大小、质地软硬度。触摸附睾有无增厚、触痛和囊肿。检查输精管及精索静脉。必要时肛诊检查前列腺的大小、质地，并按摩出前列腺液化验。
男性不育的检查中最重要的一个检查是精液检查。精液检查结果像一面镜子，可以照出很多的引起不育的原因，如果检查结果显示精子数量、活动率及形态异常精子数等有异常，应重复检查2～3次。如果仍不正常，说明睾丸生精功能或附性腺出了毛病。
做男性不育的检查一定要检查精液和血液中是否存在抗精子抗体，
近年来，进一步开展了高技术水平的检测抗精子抗体的酶联免疫吸附试验，底物膜法测定精子顶体酶活性，多点曝光电子显微镜测定精子前向运动速度及精液解脲脲原体及沙眼衣原体检查和血清钙，精浆钙和果糖含量测定等，对了解精液质量提供了更为准确的诊断依据。