子宫内膜异位症的发病原因包括种植学说、浆膜学说、免疫学说(包括细胞免疫功能缺陷、体液免疫功能缺陷)等。而皮肤子宫内膜异位症主要为进行外科手术时机械性种植引起。只要与子宫内膜组织接触的任何手术切口都可能引起内膜的种植，不同时期的子宫内膜种植能力为：经后期>经间期>分泌期> 经前期>经期>早期妊娠>晚期妊娠。其中经后期子宫内膜主要由基底层细胞组成，最具生长活力。然而少部分脐部与外阴内膜异位并无手术史，可能与淋巴转移有关系。