急性感染期，衣原体可以直接感染心肌细胞导致心肌损害，甚至发生爆发性心肌炎，亦可感染心内膜导致感染性心内膜炎，也可因心内膜功能缺损并发心力衰竭。经呼吸道感染可以直接感染肺部导致肺炎，严重者可以发生重症肺炎、ARDS、急性肺水肿等并发症。
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