角化囊肿可转变为或同时伴有成釉细胞瘤存在，且其还有显著的复发性和癌变能力。
囊肿的一些患者，当囊肿的病源牙根端突入囊中，牙齿根尖骨质会被吸收倾斜或脱落。角化囊肿易继发感染，皮层吸收而致边缘不清楚，从而造成慢性感染骨质增厚致密，较大的囊肿可影响鼻腔、上颌窦腔、眶内及翼后窝等结构。
严重的患者骨质逐渐向周围膨胀，可形成面部畸形。对于囊肿患者进行手术后，术中稍不小心可引起其它术后并发症，且发病率较高，其中包括术后感染、复发及瘘的形成等。就颌骨囊肿疾病是一定要有足够的认识的。