铜绿假单胞菌性角膜溃疡应与金黄色葡萄球菌、肺炎球菌及摩拉杆菌性角膜炎相鉴别。金黄色葡萄球菌性角膜炎以周边角膜浸润起病，浸润常位于2，4，8，10点位。浸润与角膜缘之间有1～2mm的透明角膜。角膜浸润可为单发或多发，平行于角膜缘而扩展，浸润可融合。随着角膜炎的迁移，浸润部位的角膜上皮脱落，形成角膜溃疡或角膜基质变薄。角膜缘血管长入溃疡区。溃疡易复发，可融合为半环形。最终鉴别仍然依靠病原体检查。