在溃疡向深部发展时，坏死组织脱落，角膜穿孔，或出现“露水”现象，，典型病程的真菌性角膜炎已少见，而常见到的真菌性角膜炎的浸润、溃疡发展已较快，有的1周内可感染到全角膜。一般进行手术后会出现并发症，如 细菌性角膜溃疡、前房出血、感染复发等。眼内炎、青光眼以至眼球萎缩。
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