常见有肺炎、肺不张、气胸、脓胸、乳糜胸、胸壁感染等。吻合口瘘时需局部引流及胃肠外营养支持;经胸腔手术者脓胸发展迅速，预后差(因需食管造瘘、再次开胸术)。术后早期(10～14天左右)狭窄时可开始扩张食管或局部注射激素。晚期者可能需切除狭窄段。气管软化致长期犬吠样咳嗽，严重时可行气管主动脉悬吊固定术。此外，由于先天发育畸形可致食管下段功能不良致胃食管返流性食管炎、体力和智力发育低下、胸廓畸形和乳房不对称。