主要与急性菌痢及急性肠炎等腹泻患者偶尔出现的大便失控相鉴别，但这些患者的大便多数情况下能随意控制，并且患者多有腹痛及脓血便或水样便，经对症治疗后，随着腹泻症状的缓解、大便成形，而偶发的大便失禁消失。大便失禁主要是病因之间的鉴别，包括神经障碍和损伤、肌肉功能障碍和受损、先天性疾病等。