Barrett食管有时需与早期溃疡型胃癌相鉴别。临床上对于巴雷特食管有过度治疗的倾向，其实，多数BE主要引起胃食管反流的症状，治疗上对症处理便可。没有症状的巴雷特食管，如果病理活检确认是交界型或胃底型是不需要治疗的。如果有胃食管反流的症状，如烧心、反酸、嗳气或胸骨后疼痛，可按胃食管反流的药物治疗方法。病理活检若确认为肠化的BE食管，则应病理评估不典型增生程度及癌变潜能，这类病例需要纳入临床内镜随访及监测，随访时间主要依病理活检中不典型增生程度而定。如果病理活检报告为重度不典型增生或异型增生则需要及时治疗，一般在内镜下做微创剥离切除即可，已经癌变者则应积极外科手术治疗。