患者表现有面部畸形，额窦眶顶内侧，内眦(筛窦)或面颊(上颌窦)等处膨隆。手扪诊觉皮下有表面光滑的肿物，似按捺乒乓球或破蛋壳感觉，骨质破坏时可扪及缺损的骨质边缘，可感觉肿物较软且具弹性。
额窦及筛窦囊肿较大可压迫眼球使眼球移位，及产生眼痛、复视、流泪及睑下垂等症状。眶上神经受压时眉弓麻木，鼻泪管受压时受阻产生泪溢。
鼻部症状可见有液体自患侧鼻腔流出。鼻内检查时见中鼻道膨隆或筛泡变大(即筛窦囊肿)，上颌窦囊肿时下鼻道膨隆或鼻腔外侧壁被推压而向鼻中隔移位。
鼻窦囊肿如发生感染，可形成脓性囊肿。患者临床症状有发热、全身不适、头痛等中毒症状。局部表现有发红、肿胀、疼痛及压痛。
根据患者症状及检查，进行囊肿穿刺(穿刺途径如面部膨隆典型处，及经鼻内穿刺变大的筛泡，或经下鼻道穿刺上颌窦。同时，进行鼻窦摄X线片，摄片时可注入选影剂对比。应与牙源性囊肿鉴别(牙源性囊肿可见牙根尖)