滴虫阴道炎往往与其他阴道炎并存，美国报道约60%同时合并细菌性阴道病。阴道毛滴虫能吞噬精子，并能阻碍乳酸生成，影响精子在阴道内存活，因此可并发不孕症。
因为滴虫不仅寄生于阴道，还常侵入尿道以及男性的包皮褶、前列腺液中，故对已婚患者，男方要同时治疗。如果仅妻子治疗，丈夫不治，妻子即使治愈，也会通过性生活被丈夫再次传染。如此周而复始，双方的滴虫病都顽固难愈。