大肠脂肪瘤应与大肠息肉及腺瘤、大肠癌、大肠气囊肿病、平滑肌瘤及神经纤维瘤相鉴别。在临床表现上症状多无特异性，但根据辅助检查，如X光、CT、肠镜等一般鉴别并不困难，特别是肠镜下活检能直接提供病理学依据。诊断大肠脂肪瘤时应注意部分病人可能伴有消化道恶性肿瘤，国内报道30例大肠脂肪瘤中有1例伴发大肠腺癌，而国外文献报道大肠脂肪瘤伴发消化道恶性肿瘤者高达30%。