在美洲本病须与西方马脑炎、圣路易脑炎、单纯疱疹性脑炎等鉴别诊断。
1.西方马型脑炎病程3～5天，大多在8～14天，成年人多无后遗症，乳幼儿后遗症常有智能低下，情绪不稳，四肢强直性瘫痪，老年患者则表现为精神障碍和人格改变。本病和东方马脑炎一样，诊断主要靠流行病学资料和血清学检查。
2.圣路易脑炎潜伏期4～21天，多数患者表现为发热，头痛，咽痛，肌痛，数天后即完全恢复，仅有少数患者(多见于小儿和40岁以上患者)出现脑炎症状和体征，部分患者留有较轻的后遗症，高龄是病死的高危因素，成人脑炎病死率10%～25%。
3.单纯疱疹性脑炎可发生于任何年龄，常急性起病，但亦有亚急性，慢性和复发病例。
1).前驱期 表现为头晕头痛，全身痛等，随后可有上呼吸道感染症状，发热可达38～40℃，仅部分病例出现皮肤疱疹，此期一般不超过2周。
2).神经精神症状期 其表现多种多样，早期常以精神症状为突出表现，包括人格改变，行为异常，答非所问，定向力障碍，幻觉，妄想，失忆，失语等，可能是病毒经三叉神经及嗅球早期侵犯颞叶，额叶，边缘系统所致。