多指畸形的并发症主要有五个方面：
1、成角畸形：由于多指切除后瘢痕挛缩，牵拉拇指末节向一侧偏斜，以致指间关节不平，形成一定角度的弯曲，拇指无法伸直。
2、指间关节不稳：术后拇指的指间关节只能作屈伸动作，不能左右摆动，因而会出现捏物无力、握笔不稳。这是切除多指时没有修复侧副韧带的缘故。
3、骨赘形成：多指切除时患儿年龄偏小，手术中不能充分切除多指的指骨，留下一个残端，或者切除多指时残留的骨膜逐渐骨化，随着年龄的增长，又形成了一个“复发性多指”。
4、外观细小：如果对“孪生拇指”，只是简单地切除一个指，留下的拇指必然较对侧细小，外形很不美观。
5、“Z”字畸形：主要是对复杂型的多指进行切除时，忽略了一些精细的“工序”，以致手术后，指间关节偏斜，形如“Z”字畸形。这是多指切除后最复杂的一种畸形。