(一)肛门失禁肛门失禁时患者不能随意控制排便和排气，会阴部经常潮湿，染污衣裤，故应与粪瘘区分。肛门完全失禁则排便无次数，肠蠕动时粪便即由肛门排出，用力咳嗽也可使粪便流出。肛门指诊发现肛门括约肌松弛，用探针检查或直肠内注入美蓝溶液均不能查出瘘孔。
(二)会阴Ⅲ度裂伤 会阴Ⅲ度裂伤者临床症状与粪瘘可类似。肛诊检查时令患者收缩肛门时，无肛门括约肌收缩感。检查阴道直肠隔无瘘孔发现。