本病临床表现非常复杂，因而早期诊断较困难，容易漏诊、误诊。临床确诊需要有阳性的病原学或血清学检查结果，而这些特异性检查往往又需时日。所以为了作好诊断，必须结合流行病学特点、早期的临床特点及化验等三方面进行综合分析，并与其他疾病鉴别。
(一)发热应与其他急性发热性疾病鉴别的有：伤寒、流感、上感、疟疾、急性血吸虫病、恙虫病、肺炎、流行性出血热、败血症等。除依靠临床特点外、流行病学病史、白细胞数减低，疼痛以及氮质血症的出现，往往对鉴别诊断提供重要的线索。
(二)黄疸应与黄疸型肝炎鉴别。肝炎是以食欲减退，厌油等消化道症状为显著，白细胞中性粒细胞正常或稍低。肝功能改变明显。尿胆红素，尿肝元阳性。流行病学史和血清学试验可资鉴别。
(三)肌痛应与急性风湿热相鉴别。急性风湿热的疼痛多分游走性的关节疼痛，而钩体病的肌痛以腓肠肌为基。
(四)肾炎有肾脏损害而无黄疸的钩体病患者需与肾炎相鉴别。钩体病具有急性传染性热性发病过程，有结合膜充血、肌痛明显，血压多正常，无浮肿。
(五)肺炎 应与大叶性肺炎相鉴别。大叶性肺炎
急起发热、胸痛、咳嗽、咳铁锈痰带脓性。肺部有实变体征。白细胞与中性粒细胞显著增高。X线显示大片阴影。
(六)出血或咯血出血可与上消化道出血、血尿、白血病、血小板减少及再生不良性贫血等疾病鉴别，可通过周围血象及骨髓检查、GI检查等手段与出血性疾病相鉴别。咯血应与肺结核、支气管扩张、肿瘤等疾病鉴别，通过肺部X线摄片或CT等检查加以区分。
(七)脑膜脑炎脑膜脑炎型钩体病与流行性乙型脑炎都在夏秋季流行，都无疫水接触史，亦无全身酸痛、腓肠肌压痛、结膜充血及淋巴结肿大等。乙型脑炎病情凶险、抽搐、昏迷等脑部症状比钩体病明显，尿常规、肝功能多正常。