在诊断中早期局限的病变应与乳头状瘤、湿疣、血栓外痔、肛裂及肉芽肿性溃疡区别诊断：
乳沟状瘤：肿瘤可带蒂呈葡萄状或者菜花状。如肿瘤较大，因反复摩擦，表面可溃破、出血和感染。病变生长缓慢，可无症状，通过病理检查可以鉴别。
湿疣：患者多有不洁性生活史或配偶感染史，醋酸白试验阳性，活体检测可见类似糜烂图样，中间鲜红至褐色，四周色泽逐渐减淡。
血栓外痔：多在排便或剧烈活动后，肛门突出肿块，疼痛剧烈，活动受限。肿块呈暗紫色，圆形或椭圆形，大小不等，稍硬，触痛明显。肿块过大，可致肛门皮肤缺血性坏死，也可溃破，自行排出，伤口自愈或形成肛瘘。