骨软骨瘤诊断容易，不易与其他肿瘤混淆，因有典型的临床表现及影像学特征，但需除外是否多发(可行全身骨ECT扫描明确)。多发性骨软骨瘤常有家族遗传病史，且以膝关节周围多见，对称性明显。
还需除外周围型软骨肉瘤。ECT核素扫描可显示病变区域放射性浓聚。周围型软骨肉瘤较骨软骨瘤的放射浓聚更显著，骨软骨瘤的放射浓聚是在软骨帽周围，而软骨肉瘤则是整个肿瘤体浓聚。