感染性急性间质性肾炎出现急性肾功能衰竭时需和肾血管炎、急性肾小管坏死、急进性肾小球肾炎、粥样硬化栓塞肾病和急性链球菌感染后肾炎进行鉴别。

这些疾病均可发生肾衰竭，但应有原发病的临床特点。急性肾小管坏死，少尿或无尿时间长、尿滤过钠分数>1、尿钠浓度>40、肾衰指数>2、尿渗透压<250mOsm/L。急性肾小球肾炎通常在感染后1～3周后发病，血尿和高血压见于90%以上病例，有肾炎性水肿、一过性低补体血症。急进性肾炎通常亚急性起病，病变进行性加重。鉴别有困难时，肾活检可澄清诊断，急进性肾炎约半数以上肾脏肾小球有新月体形成。近年有学者报告167Ga扫描检查，急性间质性肾炎其肾摄取增加呈高密度阴影，而急性肾小管坏死则不能摄取，有助于鉴别诊断。

另外，应与肾结核相鉴别，肾结核可有肺或肺外结核;尿中可找到结核杆菌;尿培养有结核菌生长;IVP有特殊的结核影像学改变。