对深部厌氧菌感染的治疗应包括脓液引流和外科手术切除失活组织.抗生素配合外科手术有助于控制菌血症,减少继发性或迁徙性化脓并发症,并能防止手术部位周围的感染局部扩散.

因为厌氧菌培养的结果可能要等待3~5日,通常应在明确化验结果之前开始抗生素治疗.有时即使混合感染中某些菌株对抗生素耐药,抗菌疗法也仍可见效,特别当给予充分引流时,效果更好.处理混合感染中的厌氧菌可减少伤口中细菌的数量,也可减少脓肿形成的数量.脓肿或容易感染的部位,如穿孔的器官必须关闭或引流.失活的组织,异物和坏死组织必须清除.任何封闭腔隙的感染如脓胸必须引流.若可能,应重建血液供应的循环.对脓毒性血栓性静脉炎需结扎静脉并给抗菌治疗.

口咽部厌氧菌感染应该用青霉素G治疗.在很少情况下,口腔厌氧菌感染对青霉素反应差,则应选用对耐青霉素厌氧菌有效的药物(见下文).肺脓肿应该用克林霉素或β-内酰胺/β-内酰胺酶联合应用.对青霉素过敏的病人可用克林霉素或甲硝唑(加用一种对厌氧菌有效的药物).

胃肠道或女性盆腔厌氧菌感染可能含有脆弱拟杆菌,对青霉素可能有耐药性.此外还发现对第2代头孢菌素和克林霉素也有耐药性.没有哪种单一疗法可显示其优越性.下列药物在体外试验中表明十分有效：甲硝唑,亚胺培南/西拉司丁,哌拉西林/他唑巴克坦,氨苄青霉素/舒巴坦,美罗匹宁和替卡西林/克拉维酸.有些在体外试验中无明显作用但实际通常有效的药物有克林霉素,头孢西丁和头孢替旦.甲硝唑500~750mg每8小时静脉注射1次(儿童：每日30mg/kg分3剂给)与氨基糖苷类(如庆大霉素每日5mg/kg分3剂给)合用,用于治疗腹腔内感染或任何结肠源性感染,可覆盖肠革兰氏阴性菌群.应监测庆大霉素在血清中的浓度,因为该药有潜在性肾脏毒性和耳毒性.在本治疗方案中也可用克林霉素替代甲硝唑,剂量为每8小时静脉注射900mg(儿童：每日30mg/kg分3剂给).甲硝唑是唯一的厌氧菌杀菌剂,对耐克林霉素的脆弱拟杆菌有效,并可避免克林霉素相关性伪膜性结肠炎.有关该药潜在的致突变作用尚未见临床后果.头孢西丁和头孢替旦对厌氧菌有广泛的抗菌覆盖面.甲硝唑,亚胺培南,美罗匹宁和β-内酰胺/β-内酰胺酶联合应用,在体外试验均显示比较好的抗菌作用.除甲硝唑外,所有这些药物均可单独使用,因为它们也有良好的抗需氧菌的作用.