并发症少见，偶有出现表面溃疡者。基底细胞腺瘤中还可见某些罕见型：瘢痕性基底细胞瘤，常发生于面部，为浅基底细胞瘤并发症表性结节状斑块，生长缓慢，中央或周围部分产生萎缩性瘢痕。另外还有纤维上皮瘤、基底细胞痣综合征等罕见型。 瘢痕组织是人体创伤修复过程中的一种自然产物。创伤修复有两种类型。一种类型是皮肤的表浅伤口，仅仅影响皮肤，由毛囊、皮脂腺的上皮细胞起始，通过简单的上皮形成而愈合。修复后均能达到结构完整性和皮肤功能的完全恢复。另一种类型是深达真皮和皮下组织的损伤，通过瘢痕来修复。在较低级脊椎动物，和尾巴的缺损可通过新生的肢体和尾巴的再生来代替。但是，人类仅有少数的内部器官（如肝脏、胰腺和唾液腺）具有这种修复能力。人类大多数的组织损伤通过瘢痕形成来修复。任何类型的生物、化学或物理损伤诱发了体内连锁性的体液-细胞反应，从而导致一个以纤维蛋白起主要作用的纤维增生性炎症过程，瘢痕组织就是这种炎症过程的最终产物。