囊肿可经过舌盲孔与口腔相通而继发感染。反复感染自行破溃，或因误诊脓肿行切开引流后，则形成甲状舌管瘘。亦可见出生后即存在的原发瘘。角化囊肿可转变为或同时伴有成釉细胞瘤存在，且其还有显著的复发性和癌变能力。最常见的并发症是基底细胞瘤，其次为乳头状汗管囊腺瘤。其它尚有报告发生皮脂腺腺瘤、透明细胞汗腺瘤、汗管瘤、顶泌汗腺囊腺瘤、鳞状细胞癌、角化棘皮瘤者。