从临床致病情况看，真菌可分为浅部真菌和深部真菌两大类。浅部真菌只侵犯毛发、表皮和甲板。浅部真菌病在我国极为普遍，常见的有头癣、体癣、股癣、手足癣、花斑癣和甲癣。深部真菌主要侵犯内脏器官、骨骼及神经系统，也可侵犯皮肤、粘膜。深部真菌病较常见的有孢子丝菌病、着色菌丝病、防线菌病及隐球菌病。念珠菌属则对皮肤、粘膜、指(趾)甲和内脏均可侵犯。甲内型甲真菌病主要由苏丹毛癣菌和紫色毛癣菌引起的甲板感染。