GPC必须与VKC相鉴别。两种疾病在外观形态上常难以区分。但VKC大多发生于青春期的儿童，多在20岁消失，是一种非常严重的疾病，与戴接触镜无关。GPC一般与戴接触镜有关，不伴随角膜溃疡和角膜混浊。VKC患者结膜刮片一般有嗜酸性粒细胞存在，而GPC患者的存在率仅占25%。同样，VKC患者有嗜酸性颗粒，而GPC患者则不存在。VKC患者泪液的组胺水平显著升高，而GPC患者则无明显升高。

偶尔细菌性结膜炎也与GPC症状相似，但细菌性结膜炎的分泌物多为脓性，呈白色黏稠性。少数衣原体、腺病毒和原发性疱疹性结膜炎的滤泡与GPC的巨大乳头相混淆，可借接触镜或其他眼假体配戴史相鉴别。