扁桃体炎的症状与很多病类似，在临床诊断过程中经常被误诊、漏诊。以下是几个比较容易与扁桃体炎混淆的疾病。
急性咽炎的全身症状一般较轻，急性扁桃体炎的全身症状则往往较重。检查时若见到扁桃体充血、肿大，甚至有黄白色脓点附着，而周围咽壁粘膜充血相对较轻，则为急性扁桃体炎;反之，若充血、水肿以咽壁粘膜为主，或咽侧索红肿，或咽后壁淋巴滤泡增生，而扁桃体炎症轻微者，则为急性咽炎。
2、单纯扁桃体肥大
扁桃体的大小并不是确定其有无慢性炎症的唯一标准，不少扁桃体肥大的人并没有慢性炎症的表现，所以，是否患慢性扁桃体炎，要根据临床特征面定。
3、扁桃体肿瘤
扁桃体肿瘤可见于青、中年，多表现为单侧扁桃体在短期内(多为3个月至半年)明显肿大。此时，需及时到医院检查，以免贻误病情。
须注意与咽白喉、猩红热、流行性出血热、溃疡膜性咽峡炎、单核白细胞增多症，粒性白细胞缺乏症及淋巴白血病等相鉴别。
