应鉴别的疾病有：病毒性脑膜炎、结核性脑膜炎、真菌性脑膜炎及螺旋体脑膜炎等。脑脊液的不同改变，是主要鉴别诊断依据。
脑脊液中乳酸(LA)及乳酸脱氢酶(LDH)的增高可与病毒性脑膜炎鉴别，二者的持续增高，预示疗效差或有并发症出现。
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