很多真菌均可致病，占首位的是皮肤癣菌，然后是酵母菌和霉菌。皮肤癣菌因地区不同菌种也有差异。红色毛菌遍布世界各地，须癣毛菌见于亚洲、欧洲、美洲，紫色毛菌见于欧洲、非洲、中东，断发毛菌见于世界各国，麦格毛菌见于葡萄牙、西班牙，絮状表皮癣菌见于世界各国，但近年较少见  念珠菌甲病以白色念珠菌为主，近年报告近平滑念珠菌发病率增高，其它还有克柔念珠菌、皱落念珠菌，光滑球拟醉母、热带念珠菌、伪热带念珠菌等。非念珠菌类酵母菌有念珠地丝菌、毛孢子菌等，最近发现糠秕马拉色菌也可侵犯甲板。近年来酵母菌引起的甲真菌病呈上升趋势，潮湿温度高的地区更是如此。  致病的霉菌有短帚霉、暗色柱顶孢、透明柱顶孢、曲霉、镰刀菌、头孢霉、链格孢、可可毛双孢、卡氏枝孢、新月弯孢、人甲棘壳孢、皮炎万孢等。柱顶孢为热带和亚热带地区的甲真菌病的常见致病菌，感染后临床症状类似皮肤癣菌所致的手足癣及甲真菌病。  最近发现皮肤癣菌与酵母菌混合感染占10%－20%，皮肤癣菌与霉菌混合感染为4%～17%，酵母菌与霉菌的混合感染为15%。对混合感染的致病意义目前有争论，尚待作更多的研究