早期(T1和T2期)浅表的口底鳞癌的放射治疗、低温治疗和手术治疗均有较好的治疗效果。早期口底癌的治疗方案：T1N0 患者的首选治疗方案为简单肿瘤切除，T2N0患者采取扩大肿瘤切除、选择性颈清和联合放疗和/或化疗。 T1N0和非侵袭性T2N0患者也可选用近距离放疗 。侵袭性T2N0患者首选外科切除或联合近距离放疗和口外照射。
晚期(T3和T4期)的病例，可采用术前放疗或高选择动脉插管区域化疗(顺铂、5-氟尿嘧啶、平阳霉素、paclitaxel和carboplatin 等)加手术治疗。如肿瘤侵及下颌骨，或有颈部淋巴结转移时，应施行口底部、下颌骨、颈淋巴联合根治术。对双侧颈淋巴结转移的病员，可同时或分期行颈淋巴清扫术。晚期病员也可用放射治疗或化学药物进行姑息性治疗。
肿瘤切除后如组织缺损过多，可采用筋膜桡侧前臂皮瓣、颊粘膜瓣、带蒂舌部中央岛状皮瓣、vastus lateralis瓣、同种异体邮票状全厚皮片、阴茎包皮游离皮瓣、腭粘膜骨膜游离瓣、舌骨下瓣、颈阔肌皮瓣、胸锁乳突肌皮瓣、腓骨骨皮瓣、腹直肌复合瓣、腹股沟游离皮瓣和血管化的肠移植重建口底。部分皮瓣的优缺点如下：
⑴带蒂舌部中央岛状皮瓣重建口底前部缺损研究表明，舌瓣位置处于中央、灵活和丰富的血供使舌瓣的使用成为可能，适用各种位置。舌瓣对恢复口腔功能和面容有较好的效果。
⑵颊肌粘膜肌瓣口底重建研究表明，颊肌是宽的扁平四边形肌肉，它的内侧表面由口腔粘膜覆盖。它由两条主要动脉供血：面动脉和颊动脉。肌粘膜瓣由面动脉供血带或不带面静脉。在面静脉缺乏的情况下，静脉回流可能进入外周动脉的疏松蜂窝组织。鼻唇皮肤切开益于面动脉辨认和简化皮瓣切开在疏松的间隙平面，浅层面动脉。瓣的平均尺寸为3.5 cm,宽7 cm长。瓣扩展从上颊沟到下齿槽嵴。它旋转能重建前口底和侧口底。供体位置被双层关闭。术后完美的语言功能并没有感觉后遗症。颈清时面动脉应该被保护，并且同侧下颌磨牙应该被拔除。它的简单和可靠使这个皮瓣成为一种口底重建的有用选择之一。
⑶ 阴茎包皮游离皮瓣的解剖可行性和临床应用研究表明：尸体解剖证实阴茎包皮皮瓣是可行的，阴茎包皮皮瓣平均表面积为46.2 cm 2，蒂部平均长度为15cm，供血动脉的平均直径为1.2mm，而伴随静脉的直径为1.9mm。新的阴茎包皮游离皮瓣已成功地应用在口底组织缺损的重建。皮瓣的薄和柔韧性、大的表面积、长血管蒂、有限的供区并发症等是新皮瓣的主要优点。切取皮瓣可以和肿瘤切除同时进行是另外一个点。较小的皮瓣动脉内径似乎是此皮瓣的唯一缺点。
⑷腭粘膜骨膜游离瓣研究表明，腭部游离粘膜骨膜皮瓣重建癌切除以后遗留缺损的主要优点为皮瓣的收缩较小。由于腭粘骨膜瓣较厚，局部典型的口底塌陷缺陷能被避免。供体区2~3周后生长出肉芽组织，留有很少的畸形。修复区没有涎漏。
⑸鼻唇沟瓣只被用在小的粘膜缺损上。
⑹由于前臂皮瓣的可塑性和可靠的血供，它应做为大面积软组织缺损治疗的首选。
口底鳞癌颈部外科治疗研究表明，发生淋巴结转移的口底鳞癌患者的存活率相当低。单侧淋巴结肿大的患者行同侧根治性颈清和对侧预防性颈清;双侧淋巴结肿大的患者行双侧根治性颈清。66.1%为T1-2期，淋巴结肿大的患者占45.5%。非淋巴结肿大的患者21.3%有潜在的淋巴结转移。5年存活率 52.7%。淋巴结肿大的患者应进行根治性颈清，建议比较好应进行双侧颈清。非淋巴结肿大的T2-T4肿瘤患者建议进行预防性根治性颈清。有学者认为舌骨上清扫应做为T2-4期鳞癌患者应选择的标准治疗。
经Kaplan-Meier方法(治疗特点为加强颈部预防性颈清的力度和新化疗药物的辅助注射治疗)统计处理后，患者的5年存活率分别为：T1期
100%、T2期77.8%、T3期60.0%和T4期44.4%。13个初步治疗后复发的患者经过外科补救治疗以后，5年存活率为100%。对照组的9
个颈部复发的患者的预后不令人满意，5年存活率只有11.1%。这就证明抑制颈部复发对治疗口底癌的重要性。对17个患者进行预防性颈清，没有观察到同侧颈部复发。为抑制微小的转移灶和保存功能，对26个患者进行化疗药物注射。
口底癌四种治疗方法远期疗效分析表明：作者分析了54例口底癌的四种治疗方法的远期临床效果。单纯手术或放疗、手术+放疗和化疗+手术的五年生存率分别为44.4%、18.7%、33.3%和40%,总的五年生存率为30.
7%。手术仍为目前口底癌的首选治疗方法,术前术后可联合应用化 疗或放疗。
部分下颌骨缺损治疗的新技术：钛板和腹直肌复合瓣重建下颌骨缺损，三维骨延长器重建下颌骨，每天延长1mm(早晚各0.5mm)。部分下颌骨切除意味着需要下颌骨重建，钛板可以被单独使用或联合皮瓣使用，放疗以后钛板的耐受性是非常好的。
治疗的其它方面还包括：①在口底癌的治疗中，维甲酸和干扰素α联合应用，发挥协同抗血管生成和抗肿瘤作用。②用组蛋白(H3)
mRNA原位杂交方法来预测人口腔癌对放疗的反应。③口底癌高剂量和低剂量裂隙放疗的效果是差不多的。