1.慢性细菌感染：多次粪便常规及培养有阳性发现，以及充分有效地抗生素系统性治疗，症状改善明显，可明确诊断。

2.慢性阿米巴痢疾：多次大便找阿米巴及甲硝唑试验治疗可明确诊断。

3.血吸虫感染：血吸虫疫区病人可作乙状镜检查，取直肠黏膜找血吸虫卵，或用粪便孵化法和其他方法加以鉴别。

4.吸收不良综合征：有腹泻，但大便中常有脂肪和未消化食物。

5.肠肿瘤：小肠的良性小肿瘤可发生腹泻和间歇性发作的部分肠梗阻。结肠肿瘤也可以出现类似肠道功能性疾病的症状。特别是对老年人应注意。可进行X线钡剂造影检查或结肠镜检查以明确诊断。

6.溃疡性结肠炎：有发热、脓血便等异常表现。经X线钡剂造影或结肠镜检查可以鉴别。