分水岭脑梗死除了要与出血性脑血管病鉴别外，还需与脑栓塞、短暂性脑缺血发作相鉴别。此外，也要与其他颅脑疾病相鉴别，比如颅内占位性病变、脑瘤、硬膜下血肿、脑脓肿、脑炎、脑寄生虫病等疾病。但依靠病史及辅助检查(头颅CT、MRI)，一般容易诊断，不难鉴别。
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