1.与发热性疾病鉴别 如伤寒、疟疾、上呼吸道感染及某些恶性肿瘤等。

2.与活动性风湿病鉴别 风湿病患者多为年轻人，水杨酸钠常能减轻症状;血培养阳性，栓塞现象、瘀点及脾脏肿大等见于感染性心内膜炎。有时两病同时存在，则应试行抗风湿治疗。

3.感染性心内膜炎的栓塞现象 有时可使栓塞器官的症状明显而误诊为该处的独立疾病，如误诊为脑炎、肾结石、贫血等。老年病人亦应与动脉粥样硬化斑块脱落发生栓塞的主动脉蓬松综合征(shaggy aorta)相区别。