组织病理检查可见囊状结构，充满角质。囊壁由角化的复层扁平上皮构成，腔内束条状增生的上皮组织，自中央向外呈放射状排列。可见上皮组织有皮脂及小角质囊肿。真皮内有衬以鳞状上皮的大囊腔，囊腔内可见角质，也常见双折光的毛干碎片。在有中央孔的病例中，大囊腔与表面表皮连续，说明该囊腔为扩大、扭曲的毛囊。有些病例的真皮内尚见1或2个附加的囊腔。从这些“原发”毛囊壁放射出很多分化良好的“继发”毛囊。分化良好的继发毛囊常见有毛乳头，且常有外和内毛根鞘，内毛根鞘含嗜酸性毛透明颗粒，中央有纤细毛发。继发毛囊壁内嵌有小簇皮脂腺细胞。所有毛囊瘤的上皮索与继发毛囊相互连接。这些上皮索因向外毛根鞘方向分化，故周围一排细胞呈栅状，其中细胞因含糖原，所以大而呈空泡状。