生理功能方面危害
(1)对人体体能、体态方面的危害：慢性疲劳综合征能够大大损伤人体的体力、体能，使人感到疲惫、乏力，身体失衡，其主要原因除了身体的整体肌力不足(乏力)之外，整体活动的协调不足(不灵)也是重要的一个方面。基于上述两点，可以导致慢性疲劳综合征的患者行动迟缓，步态沉重，步幅缩小，动作失灵，久立不稳，疲乏无力，腰酸腿软，肌力减退。难以从事或完成某些消耗体力较大及动作细腻、精巧的工作，致使患者深感力不从心。
慢性疲劳综合征对人体体能影响的另一方面表现为对容颜与体态的危害：多种情况下，长期的慢性疲劳可使患者面色无华，脱发断发，皱纹早现，面肌松弛;有的还可出现面部色斑。明显呈现出未老先衰之征象。
(2)对人体免疫系统的危害：免疫系统健全与否是健康的重要标志之一。慢性疲劳综合征的存在，必然会使人体的免疫系统功能与调节失常，乃至引起免疫功能低下。免疫功能不足，削弱了机体的抗病能力，破坏了防御疾病的天然屏障，为各种各样疾病的发生打开了通路，患病的机会必将大大增加。
(3)对人体循环系统的危害：慢性疲劳综合征造成的机体萎靡状态，活动减少，血流缓慢，血液沉滞，可导致心血管系统发生程度不同的病变，患者常常感觉心悸、气喘，活动后尤为显著，时常叹息。体格检查时可以发现血压不稳(偏高或偏低)，心率较快，甚至可以出现心律不齐(多为窦性)。
(4)对人体神经系统的危害：慢性疲劳综合征对神经系统的危害主要累及中枢神经系统，多由于脑部血液供应不足所引起的组织乏氧所致，常表现为“脑疲劳”症状，如记忆力下降，注意力不集中，头脑不清爽，反应迟钝，头晕头痛。有时还可以出现某些精神症状，如忧郁、焦虑、烦躁、易激动、缺涵养等。这类病人常可进一步影响睡眠，出现失眠(入睡困难，或睡眠不深，中间早醒等)多梦、夜惊等。睡眠不足，又可以导致脑疲劳，如此反复，形成恶性循环，致使症状不断加重，难以治愈，十分痛苦。
(5)对人体消化系统的危害：慢性疲劳综合征的病人，由于神经系统与心血管系统受累，必然导致胃肠道血液淤滞，蠕动减弱，功能受损。表现为食欲不振、胃纳不佳、胀满少饥，偏食，厌油，恶心等。有的患者为了缓解进食不良，常采用多吃辣椒等辛辣食物，借以刺激胃口。由于进食不佳，热量不足，可以造成形体消瘦、营养不良，而进一步加重对各个系统的影响。
(6)对人体生殖系统的危害：慢性疲劳综合征患者常伴有生殖系统的功能异常。对于女性病人来说，常见的有月经不调(时间提前或错后，经期延长，出血量过多或过少等)、性冷淡等。对男性病人而言，则多数表现为遗精、阳痿、早泄、性欲减退等。如果不能及时调治，很可能有引发不孕或不育的发生。因为生殖系统功能障碍多属于中医肾精亏损之范畴，所以会伴随出现腰酸腿软、头晕耳鸣、失眠多梦、记忆力下降等症状。
(7)对人体感官系统的危害：慢性疲劳综合征患者由于全身若干系统受累，功能低下，特别是神经与内分泌系统的变化，常可导致感官系统的异常。在视觉器官异常方面，主要表现为：眼睛胀痛，干涩不适，视物模糊，对光敏感，视觉疲劳等;在听觉器官异常方面，主要表现为耳鸣、听力下降等。
心理方面危害
(1)对情绪方面的危害：情绪，是人受到情景刺激时，经过是否符合自己需要的判断后，产生的行为、生理变化和对事物态度的主观体验。情绪对人的健康有很大影响。慢性疲劳综合征对人的情绪的危害常常表现为：情绪不稳，暴躁，易怒，焦虑，紧张，恐惧等，有时自己不觉或难以控制。这些异常情绪的存在，可以导致失眠多梦，消化不良等。
(2)对意志方面的危害：意志，是人自觉地确定目的并支配与调节其行动，克服困难达到预定目的的心理过程。意志和情绪是相互影响的，慢性疲劳综合征的病人，由于情绪受到影响，进一步也会导致意志的受损。致使多数表现出意志薄弱，做事不果断，犹豫不决，瞻前顾后，缺乏信心，效率降低。有时可能对自己缺乏信心，受到一些不良刺激，不能自己解脱、自我调整，以致负担沉重，消极自卑，放任自流，失掉控制能力，甚至可能借此养成若干不良嗜好，如过度吸烟、酗酒等;也可能产生某些不良行为，如行动过激，对人失礼，做一些与自己身份不符的事情等。
(3)对能力方面的危害：慢性疲劳综合征的患者常表现出某些能力低下，如做事注意力不集中，短时记忆差，难以准确理解和记忆所阅读的内容，计算数字能力削弱，语言和推理能力减退，思维迟钝，联想狭隘，缺乏创新。致使工作能力明显降低，对以往可以顺利完成的工作也深感难以完成，自我责备，减少交往，逐渐孤独等。