原发性尿路结石往往与某些疾病容易混淆。须与之鉴别的疾病有：
1.尿道狭窄
尿道狭窄的主要症状为排尿困难、尿流变细无力、中断或滴沥，并发感染时亦可有尿频、尿急、尿痛及尿道分泌物。某些外伤性尿道狭窄亦可能扪 及尿道硬结。
尿道狭窄往往无肾绞痛史及尿砂石史，而有其原发病因，如损伤、炎症或先天性、医源性等原因;其排尿困难非突发性;尿道探通术可于狭窄部位受 阻;X线平片无结石阴影，尿道造影可显示狭窄段。
2.非特异性尿道炎
非特异性尿道炎时，可有尿痛、尿频、尿急及尿道分泌物，慢性非特异性尿道炎可并发尿道狭窄而出现排尿困难。
非特异性尿道炎无肾绞痛或尿砂石史，无急性排尿困难，尿道扪诊不能触及硬结，X线检查无结石阴影。
3.尿道损伤
尿道损伤可有尿道外口出血、尿道内疼痛及排尿困难，尿潴留，并发感染时可有尿道分泌物。
尿道损伤一般有明确损伤史，常伴尿外渗、局部皮肤肿胀、皮下瘀血，试插导尿管不易插入膀胱，并可由导尿管引出数滴鲜血，X线平片可见骨盆骨 折等征象，无结石阴影。