脐尿管囊肿及脐尿管瘘需与脐肠瘘鉴别，后者也发生在脐部，但与肠道相通，因此排出物为粪便而非尿液，可以根据分泌物的外观进行初步鉴别。其次也可以静脉注射染色剂后，若脐部不能够排除染色的液体则也证明非脐尿管瘘。造影检查可显示卵黄管内造影剂进入肠腔，一般为下部回肠。
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