病因尚未完全阐明，现认为可能由一种或多种病原微生物或寄生虫引起的慢性小肠感染，与麦胶饮食无明确关系。本病有流行性、季节性，广谱抗生素治疗有效，但粪便、小肠内容物以及肠粘膜中未发现病原菌。营养缺乏，如蛋白质、维生素B族、叶酸等可能与本病发病有关，但不是重要的病因。

小肠粘膜绒毛变形不规则，粗大或变平；呈舌形、脊状或扁平、卷曲状。空肠粘膜活组织检查有腺窝变长，腺窝细胞核肥大，嗜银细胞增多，上皮细胞呈方形或扁平形，杯状细胞减少。上皮细胞酶活力减低。电镜检查见微绒毛不规则，成团分叉多，微粒体和线粒体均有增加。有些病倒同时有浅表性或萎缩性胃炎。